Seitenrand für einige Seiten ändern

Zunächst einmal sei darauf hingewiesen, dass Du Optionen verwendest, die als deprecated eingestuft sind. Siehe dazu die Warnmeldungen, die KOMA-Script ausgibt und in denen auch angegeben ist, wie diese ggf. zu ersetzen sind. Ich werde in meinen Beispielen die entsprechenden Optionen ersetzen bzw. weglassen, falls sie für das Beispiel selbst unerheblich sind.

Desweiteren muss ich leider feststellen, dass Dein Beispiel den Anforderungen an ein vollständiges Minimalbeispiel (← diesen Link solltest Du bereits bei der Anmeldung per E-Mail erhalten haben: wenn nicht, bitte beschweren!) nicht gerecht wird. Es läuft nämlich nicht einmal fehlerfrei durch. Demnach hast Du es nicht genau so, wie Du es angegeben hast, getestet. Alles, was ich ab hier schreibe ist daher unter dem Vorbehalt zu betrachten, dass ich bezüglich des Problems eventuell von falschen Voraussetzungen ausgehe.

Dann sei darauf hingewiesen, dass Platzökonomie kein typografisches Argument, sondern typografisch betrachtet eher ein Gegenargument ist. Allein entscheidend ist, ob es dem Leser nützt. Text, der in einer Weise gesetzt ist, die eher gegen den Leser arbeitet als ihm zu nützen, kann und sollte man sich gleich ganz sparen. Gehen wir also im weiteren davon aus, dass nicht Platzökonomie, sondern typografische Gründe dafür sprechen, den Text quer zu setzen.

Als letztes stellt sich mir die Frage: Da Du auf Kopf und Fuß auf den Querseiten verzichtest, warum verwendest Du dann nicht einfach eine der beiden Lösungen, die in der KOMA-Script-Anleitung angegeben sind. Da wäre zum einen, die Möglichkeit der Umgebung addmargin:

\documentclass[12pt,footsepline,parskip=half,numbers=noenddot]{scrartcl}
\usepackage{pdflscape}% Damit das auch mit pdfTeX richtig funktioniert
\usepackage{multicol}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage{blindtext}
\begin{document}
\section{Bla}
\dots
\newpage
\pagestyle{empty}
\appendix
\begin{landscape}
\begin{addmargin}[-3.8cm]{0pt}
\section{Appendix}
\setlength{\columnsep}{3pc}
\begin{multicols}{2}
\scriptsize
 
\blindtext[30]
 
\end{multicols}
\end{addmargin}
\end{landscape}
\end{document}
\documentclass[12pt,footsepline,parskip=half,numbers=noenddot]{scrartcl}
\usepackage{pdflscape}% Damit das auch mit pdfTeX richtig funktioniert
\usepackage{multicol}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage{blindtext}
\begin{document}
\section{Bla}
\dots
\newpage
\pagestyle{empty}
\appendix
\begin{landscape}
\begin{addmargin}[-3.8cm]{0pt}
\section{Appendix}
\setlength{\columnsep}{3pc}
\begin{multicols}{2}
\scriptsize
 
\blindtext[30]
 
\end{multicols}
\end{addmargin}
\end{landscape}
\end{document}

Zum anderen besteht die Möglichkeit, mit \KOMAoptions innerhalb eines Dokuments die Papiereinstellungen und den Seitenspiegel komplett zu ändern:

\documentclass[12pt,footsepline,parskip=half,numbers=noenddot,pagesize]{scrartcl}
\usepackage{multicol}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage{blindtext}
\begin{document}
\section{Bla}
\dots
 
\KOMAoptions{paper=landscape,headinclude,DIV=20}
\pagestyle{empty}
\appendix
\section{Appendix}
\setlength{\columnsep}{3pc}
\begin{multicols}{2}
\scriptsize
 
\blindtext[30]
 
\end{multicols}
\end{document}

Wie gesagt: Beide Möglichkeiten sind in der KOMA-Script-Anleitung dokumentiert und sollten dort bitte nachgelesen werden.

Übrigens kann man geometry auch so laden, dass es keine Änderungen am Satzspiegel vornimmt. Wie die entsprechende Option lautet, müsste ich auch erst in der geometry-Anleitung nachlesen. Das überlasse ich also Dir. Darüber hinaus kann man natürlich auch nach dem Laden von geometry noch \KOMAoptions, \typearea etc. verwenden.