Kopfzeile mit GROSSBUCHSTABEN klappt nur z.T.

Zunächst: Es geht nicht so einfach. Dein Wunsch ist so ziemlich der einzige Punkt, in dem die KOMA-Script-Klassen nicht an die Standardklassen angepasst werden können. Der Grund dafür ist einfach. Die Versalien in den Kolumnentiteln sind typografisch ohnehin falsch gesetzt. Im Versaliensatz muss grundsätzlich leicht gesperrt werden. Diese Regel ist so wichtig, dass sie in den wenigen festen Regeln, die Jan Tschichold aufstellt, bereits an zweiter Stelle kommt. Dabei ist auch nicht zwischen allen Buchstaben gleich zu sperren, sondern so, dass der optische Eindruck eines gleichmäßigen Abstandes entsteht. Wollte man das automatisch machen, bräuchte man für jeden Font eigene Sperrtabellen. LaTeX setzt Versalien ohne die zusätzliche notwendige Sperrung (es gibt Pakete mit eigenen Anweisungen, die das verbessern helfen).

Während die normalen Überschriften mit \chaptermark etc. gesetzt werden, das ggf. von scrpage2 definiert wird und deshalb nach Anforderung auch Großbuchstaben einschleusen kann, werden die Nummernlosen Überchriften mit \@mkboth bzw. mit \markright oder \markleft gesetzt. Diese Low-Level-LaTeX-Anweisungen enthalten kein \MakeUppercase. Es ist auch nicht ganz so trivial, wie man denken würde, einfach

\newcommand*{\orig@mkboth}{}
\let\orig@mkboth\@mkboth
\renewcommand*{\@mkboth}[2]{%
  \orig@mkboth{\MakeUppercase{#1}}{\MakeUppercase{#2}}%
}

zu definieren, um das zu ändern. Da die Low-Level-Anweisung \@mkboth wiederum von den Anwenderanweisungen wie \chaptermark verwendet werden, \MakeUppercase nur mit voll expandierbaren Argumenten korrekt funktioniert, aber niemand garantieren kann, dass in besagten Anwenderanweisungen nur solche vorkommen, funktioniert das nur manchmal.

Also nochmal meine Eingangsfrage: Warum willst du eine typografisch falsche Lösung, die zudem auch noch extrem hässlich ist? Wenn schon würde ich eher Small-Capitals verwenden (wobei auch diese genaugenommen ggf. zu sperren wären, dort ist das aber je nach Font ein klein wenig weniger schlimm als bei Versalien).

Übrigens fehlt die Literatur nich tim Inhaltsverzeichnis. Du hast scrartcl ja nicht mitgeteilt, dass du sie dort haben willst. Siehe Abschnitt 3.1.4, »Optionen für das Inhaltsverzeichnis«, in der KOMA-Script-Anleitung.

Und wenn du schon beim Lesen bist, schlag auch gleich nochmal markuppercase nach. Dort steht deutlich: »Die Optionen sind nicht geeignet, eine entsprechende Darstellung zu erzwingen.« Deutlicher kann man es eigentlich nicht schreiben.