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Es ist ein seit langem bekannter Bug in LaTeX, den das LaTeX-Team leider zum Feature erklärt hat, dass das optionale Argument von \twoside ohne korrekte Anwendung von \topskip gesetzt wird. In der Anleitung zu splitindex habe ich AFAIK erklärt, wie man stattdessen das Paket multicols für den Index verwenden kann. Ansonsten bleibt nur \chapterheadstartvskip vor dem Index passende umzudefinieren (und danach wieder zurück).

In Ermangelung eines Beispiels ist mir nicht klar, was Du mit \thispagestyle bezweckst und was da nicht funktionieren soll. Vorsorglich sei jedoch auf \indexpagestyle hingewiesen.