Inhaltsverzeichnis: Ziffern der Kapitel- u. Abschnittsnr., sowie Seitenzahlen formatieren

Leider habe ich den Font nicht (schon gar nicht unter C:/EBGaramond/). Daher kann ich Dir leider bei diesem Beispiel nicht helfen.

Mir ist auch nicht ganz klar, ob Deine Frage nun darauf abziehlt, wie man Font-Features mit fontspec lokal ändern kann oder wie man im Inhaltsverzeichnis den Font ändern kann oder darauf, wie man das mit tocstyle macht oder darauf wie man die Formatierung von Verzeichniseinträgen extrem verändern kann.

So etwas:

	%Entfernt die Part-Eintrag-Seitennummer im Inhaltsverzeichnis:
	\addtokomafont{partentrypagenumber}%
		{\let\hfil\relax\def\hb@xt@#1#2{}}
 
	%Zentriert Part-Eintrag im Inhaltsverzeichnis (kollidiert mit tocstyle)
	\addtokomafont{partentry}%
		{\def\numberline#1{#1\autodot~}\centering\partname~}%

ist jedenfalls ein ganz übler Hack und liegt weit außerhalb dessen, wofür \addtokomafont vorgesehen ist. Sich darauf zu verlassen, dass das zufällig mal funktioniert hat, wäre ein großer Fehler. Wer \addtokomafont weit außerhalb der Spezifikation verwendet, darf dafür keinen Support erwarten.

Falls Du – was ich vermute – mehrere Fragen miteinander vermischt hast, sei darauf hingewiesen, dass das unklug ist. Zwecks Übersichtlichkeit sollte man komplexe Fragen auf möglichst klar abgegrenzte Einzelprobleme reduzieren und diese einzeln – ggf. mit Bezug zueinander – stellen.

Am besten ist immer, in Minimalbeispielen gar keine Pfade vorzugeben.

Dessen ungeachtet scheint es generell nicht zu funktionieren, mit \addfontfeatures{Numbers=Monospaced,} auf Tabellenziffern umzuschalten:

\documentclass{article}
 
\usepackage{fontspec}
 
\setmainfont[%
Extension = .otf,
Numbers = {OldStyle,Proportional},%<-- Nummerierung global: proportional
UprightFont = {EBGaramond08-Regular},
ItalicFont = {EBGaramond08-Italic},
UprightFeatures = {%
	SizeFeatures={%
		{Size={-9.99},Font={EBGaramond08-Regular}},
		{Size={10-},Font={EBGaramond12-Regular}},
	},
},
ItalicFeatures = {%
	SizeFeatures={%
		{Size={-9.99},Font={EBGaramond08-Italic}},
		{Size={10-},Font={EBGaramond12-Italic}},
	},
},
]{EB Garamond}
 
\begin{document}
\raggedright
  \frame{11}
 
  \addfontfeatures{Numbers=Monospaced,}\selectfont
  \frame{11}
 
\end{document}

Erzeugt bei mir zwei gleich breite Kästen mit proportionalen Ziffern. Das verwundert auch nicht sehr, weil die neuen Features lediglich zu den alten hinzugefügt werden. Du müsstest aber die alten durch die neuen ersetzen, damit kein Konflikt entsteht. Es gibt dazu sogar einen expliziten Hinweis in der fontspec-Anleitung.

Ich weiß jetzt ehrlich gesagt nicht, wie man mit fontspec korrekt das Feature Numbers=Proportional abschaltet, um Numbers=Monospaces einschalten zu können. Soweit ich die Anleitung richtig verstanden habe, existiert eine solche Möglichkeit nicht wirklich. Man muss also wohl eine zweite Schriftfamilie mit den gewünschten Einstellungen definieren. Die ist dann aber natürlich nicht \normalfont. Als Hack funktioniert beispielsweise:

\documentclass[%
	paper=a4,
	paper=portrait,
	pagesize=auto,
	twoside=true,
	version=last,
	headings=normal,
	toc=listof,
	toc=graduated,
	parskip=half,
	headsepline=false,
	footsepline=false,
	cleardoublepage=empty,
]{scrbook}
 
\usepackage{fontspec}
 
\setmainfont[%
Extension = .otf ,
Numbers = {OldStyle,Proportional},%<-- Nummerierung global: proportional
UprightFont = {EBGaramond08-Regular},
ItalicFont = {EBGaramond08-Italic},
UprightFeatures = {%
	SizeFeatures={%
		{Size={-9.99},Font={EBGaramond08-Regular}},
		{Size={10-},Font={EBGaramond12-Regular}},
	},
},
ItalicFeatures = {%
	SizeFeatures={%
		{Size={-9.99},Font={EBGaramond08-Italic}},
		{Size={10-},Font={EBGaramond12-Italic}},
	},
},
]{EB Garamond}
 
\newfontfamily{\GaramondMonoNumbers}{EB Garamond}[%
Extension = .otf ,
Numbers = {OldStyle,Monospaced},%<-- Nummerierung global: proportional
UprightFont = {EBGaramond08-Regular},
ItalicFont = {EBGaramond08-Italic},
UprightFeatures = {%
	SizeFeatures={%
		{Size={-9.99},Font={EBGaramond08-Regular}},
		{Size={10-},Font={EBGaramond12-Regular}},
	},
},
ItalicFeatures = {%
	SizeFeatures={%
		{Size={-9.99},Font={EBGaramond08-Italic}},
		{Size={10-},Font={EBGaramond12-Italic}},
	},
},
]
 
\addtokomafont{disposition}{\normalfont\normalcolor}
 
\makeatletter
\AfterTOCHead[toc]{\l@addto@macro\normalfont{\GaramondMonoNumbers}\normalfont}
\makeatother
 
\KOMAoptions{DIV=last}
 
\usepackage{mwe}
 
\begin{document}
\tableofcontents%
 
\blinddocument\blinddocument\blinddocument\blinddocument
\end{document}