Automatische Überschrift über zweispaltigen Text

Nicht extramarks ist die Lösung, sondern fixltx2e dürfte die Lösung des Problem mit den richtigen Marken sein. Wenn ich Deine Erklärung und Dein Code-Beispiel richtig deute, dann suchst Du vermutlich etwas in der Art:

\documentclass[12pt,a4paper,twoside,twocolumn,parskip,3.5headlines,pagesize,
               footsepline,normalheadings]
              {scrartcl}
\usepackage{fixltx2e}% unbedingt notwendig, damit die Marken im zweispaltigen
                     % Satz richtig funktionieren!

\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[dvipsnames]{xcolor}
\usepackage[left=0.87in, right=0.87in, 
            top=1.77in, bottom=1.2in, 
            foot=0.5in,headsep=0.80in, 
            headheight=0.59in]{geometry}

\usepackage{lipsum}

\usepackage{scrpage2}
\automark[section]{section}
\clearscrheadfoot

\ifoot{\copyright\ Name, 2007}% Unten innen der Copyright-Hinweis

\renewcommand*{\pagemark}{\usekomafont{pagenumber}Seite~\thepage}
\setkomafont{pagenumber}{}

\lohead{%
  % Hier ergibt sich das Problem, dass eine \colorbox rechts und links
  % zusätzlich einen Abstand von \fboxsep zum Inhalt einfügt. Um uns das
  % Leben einfacher zu machen, packen wir die \colorbox deshalb einfach
  % zentriert in eine \makebox der erlaubten Maximalbreite. Sie ragt dann
  % links und rechts jeweils um \fboxsep über diese Maximalbreite hinaus, ohne
  % dass dadurch eine overfull \hbox gemeldet wird.
  \makebox[\textwidth]{%
    \colorbox{CadetBlue}{% Breite = Breite der \parbox + 2\fboxsep
      \parbox[t][2\baselineskip][t]% --> usrguide
      {\textwidth}% die Breite
      {%
        \color{white}% Schwarz auf CadetBlue ist einfach Murks
        Report Nr.~\ReportNumber
        % Wenn wir schon dabei sind, können wir auch gleich noch die
        % Seitenzahl setzen.
        \hfill\pagemark
      }%
    }%
  }%
}
\rohead{%
  % Den Teil nehmen wir jetzt, um den Kolumnentitel zu setzen. Da er nicht
  % rechtsbündig, sondern linksbündig gesetzt werden soll, nehmen wir dafür
  % wieder eine \parbox über die gesamte Breite. Außerdem soll die genauso
  % hoch sein, wie die \lehead-Kopf. Dieser ist so hoch wie die
  % dortige \parbox zuzüglich \fboxsep, wieder von der \colorbox. Das zweite
  % \fboxsep der \colorbox ist keine Höhe, sondern Tiefe und darf hier deshalb
  % nicht als Höhe für die \parbox angegeben werden.
  \parbox[t][\dimexpr 2\baselineskip+\fboxsep\relax][t]{\textwidth}{%
    % Der Inhalt soll aber in Wirklichkeit gar nicht an dieser Stelle stehen,
    % sondern unterhalb des bunten Kopfes, im headsep-Bereich.
    \raisebox{-3\baselineskip}[\baselineskip][0pt]{\rightmark}%
  }%
}

\lehead{%
  \makebox[\textwidth]{%
    \colorbox{CadetBlue}{%
      \parbox[t][2\baselineskip][t]{\textwidth}{%
        \pagemark\hfill
        Report Nr.~\ReportNumber
      }%
    }%
  }%
}

\rehead{%
  \parbox[t][\dimexpr 2\baselineskip+\fboxsep\relax][t]{\textwidth}{%
    \raisebox{-3\baselineskip}[\baselineskip][0pt]{\rightmark}%
  }%
}

\newcommand*{\ReportNumber}{1}

\pagestyle{scrheadings}

\setcounter{secnumdepth}{0}
\begin{document}
\section{Einleitung}
\lipsum[1]
\section{Die Mechanismen der Druckerhöhung}
\lipsum[1]
\section{Dampfdruck und Dichte von Wasser}
\lipsum[1]
\subsection* {Definition des Sättigungsdruckes}
\lipsum[1-2]
\subsection* {Sättigungsdampfdruck des Wassers}
\lipsum[1]
\section{Thermodynamische Grundlagen}
\lipsum[1]
\subsection*{Thermodynamische Konstanten}
\lipsum[1]
\end{document}

Ich hoffe die Kommentare reichen aus, damit Du damit klar kommst, und weitere Änderungen selbst vornehmen kannst.