Sections und Subsections mit Kapitelnummern

Mach mal ein vollständiges Minimalbeispiel. Wenn Du das ordentlich machst, wirst Du sicher selbst herausfinden, warum bei Dir die Abschnittsnummern in den Überschriften ohne Kapitelnummer sind. Normal ist nämlich das, was werden soll, wie

\documentclass{scrreprt}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage{blindtext}
\begin{document}
\tableofcontents
\blinddocument
\end{document}

zeigt. Da Du anscheinend Dinge in Deiner Präambel stehen hast, von denen Du nicht weißt, was sie tun, sind noch zwei Tipps angebracht:

• Lies das in den Grundlageninfos verlinkte "LaTeX2e Sündenregister". Da stehen viele nützliche Tipps für Leute drin, die irgendwelche Vorlagen von irgendwelchen Einäugigen unter den Blinden übernehmen.
• Wirf alles aus der Präambel Deines Dokuments heraus, von dem Du nicht weißt, wofür es gut ist. Nimm dann nach und nach das wieder rein, was Du unbedingt benötigst.