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Die Unterschiede haben damit zu tun, dass unterschiedliche Marken für \rightmark und \leftmark verwendet werden (näheres dazu ist dem Abschnitt »Seitenstil« in Kapitel 3 der KOMA-Script-Anleitung zu entnehmen). Deshalb führt die Verwendung von \sectionmark nach \section bei dir nicht zum Ziel. Natürlich kann man die Anweisung auch nicht vorziehen, weil sonst die Gliederungsnummer nicht stimmt. Man kann aber bei gleichzeitiger Verwendung des optionalen Arguments von \section die Anweisung \sectionmark zusätzlich ins obligatorische Argument von \section schreiben. Dann sollte es passen. Dass das dann funktioniert liegt daran, dass von LaTeX erst die Überschrift gesetzt und dann \sectionmark mit dem optionalen Argument aufgerufen wird. Zu dem Zeitpunkt ist dann aber das \sectionmark aus der Überschrift (dem obligatorischen Argument) von \section) bereits ausgeführt und somit liefert \firstmark, was wir haben wollen. Damit dann die nächste Seite nicht den Kolumnentitel aus dem automatische \sectionmark (mit dem optionalen Argument von \section) zeigt, muss nach \section die Marke mit einem weiteren expliziten \sectionmark erneut überschrieben werden.

Das scheint alles ein wenig kompliziert, ist es aber bei genauer Betrachtung gar nicht.