Schriften zurücksetzen

Löse es lieber ohne interne KOMA-Script-Makros:

\RequirePackage{filecontents}%
\begin{filecontents}{\jobname.cls}
\NeedsTeXFormat{LaTeX2e}
\ProvidesClass{\jobname}
\LoadClassWithOptions{scrreprt}
 
\addtokomafont{section}{\section@fnt@extension}%
 
\newcommand*{\section@fnt@extension}{%
  \if@fnt@deny\else\centering\fi
}
 
\DefineFamily{FAM}
\DefineFamilyMember{FAM}
\FamilyBoolKey{FAM}{origfonts}{@fnt@deny}
\FamilyProcessOptions{FAM}
\endinput
\end{filecontents}
 
\documentclass[origfonts]{\jobname}
\begin{document}
\section*{Test}
\end{document}

Vorteil: Ändert der Benutzer die Fonts und will dann später die Änderungen der Klasse noch abschalten, ohne seine Änderungen zu vernichten, dann geht das noch immer mit dieser Option.

Nachteil: Ändert der Benutzer die Fonts und will dann später seine Änderungen abschalten, dann geht das nicht mehr mit dieser Option.

Fazit: Die Option schaltet nun nur noch die Änderungen aus und ein, die Teil von \section@fnt@extension sind. Weitere Änderungen sind davon nicht betroffen.

Warum Deine Lösung nicht funktioniert? Weil \scr@fnt@section nicht die Definition enthält, sondern nur einen Verweis auf die Definition. Das wird recht schnell klar, wenn Du \show\scr@fnt@section in Deiner Lösung einmal vor und einmal nach \addtokomafont einfügst und die Ergebnisse in der log-Datei vergleichst.