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Ich kann Dir so leider nur sehr schwer helfen. Bitte trenne unabhängige Probleme in unabhängige Fragen. Ggf. kannst Du die einzelnen Fragen auch verlinken, falls Dir das sinnvoll erscheint. Näheres dazu ist der Hilfe zum verwendeten Eingabeformat zu entnehmen.

Bitte erstelle auch wirklich vollständige Minimalbeispiele. Code, in dem andere, nicht vorhandene Dateien geladen werden, ist für mich unbrauchbar. Siehe dazu auch erneut: »Was kann ich tun, damit meine Probleme schnell eine Lösung finden?»

Havyn schrieb:

\documentclass[
	12pt,					 
	DIV10,
	german,					
	a4paper,				
	oneside,				
	headsepline,			
	titlepage,			
	normalheadings,			
	listof=totocnumbered,,		
	bibtotoc,				
	idxtotoc,				
	tablecaptionabove,		
	halfparskip+, 			
	bibtotocnumbered,		
	]{scrreprt}

Die Optionen DIV10, normalheadings, bibtotoc, idxtotoc, tablecaptionsabove</cde>, <code>halfparskip+ und bibtotocnumbered sind schon seit mehreren Jahren überholt und sollten nicht mehr verwendet werden. Wie es richtig geht, steht in der KOMA-Script-Anleitung. Siehe dazu auch die Log-Datei des LaTeX-Laufs, in der Du auch gleich erfährst, welche Optionen Du in der Anleitung nachlesen solltest und welche Nebenwirkungen die Verwendung der veralteten Optionen noch haben. Darüber hinaus widersprechen sich die Optionen bibtotoc und bibtotocnumbered auch noch.

Die Optionen oneside und a4paper entsprechen übrigens der Standardeinstellung von scrreprt und sind damit überflüssig.

Wer immer Dir diese Zeilen empfohlen hat, hat Dir keinen Gefallen damit getan.

Weiter geht's im Kontext der bisherigen Kommentare:
Havyn schrieb:

\setcounter{page}{1}
\pagenumbering{arabic}

Obwohl \pagenumbering eine Anweisung des LaTeX-Kerns ist, ist sie in der KOMA-Script-Anleitung extra beschrieben und dort wird extra darauf hingewiesen, dass die Seitenzahl dabei automatisch zurückgesetzt wird. Die erste Zeile ist also komplett überflüssig.

Wer ist eigentlich auf die unsägliche Idee gekommen, Verzeichnisse mit römischen Zahlen zu nummerieren? Das ist so überfüssig wie sonst etwas. Nummern benötigt man zum referenzieren und kein Mensch wird je "Verzeichnis II" referenzieren, sondern allenfalls das Tabellenverzeichnis. Ich weiß, ich weiß, irgendwelche dämlichen Word-Vorlagen zeigen das so. Deshalb macht der arme Student das fleißig nach. Ich muss es aber deshalb trotzdem nicht gut heißen, sondern es steht mir frei, darauf hinzuweisen, dass es wenig sinnvoll ist.

Das Paket lastpage ist nur bedingt geeignet, wenn man Seiten mit unterschiedlicher Zählweise (beispielsweise römisch und arabisch) verwendet. Hier müsste erst einmal definiert werden, was dann eigentlich ausgeben werden soll. Natürlich kann das Paket selbst auch nicht zwei verschiedene Zahlen ausgeben. Hier ist ggf. mit mehreren Labels und \pageref zu arbeiten. Sinnvoller ist jedoch schlicht eine durchgehende Nummerierung. Die nicht durchgehende Nummerierung stammt ohnehin aus Zeiten, als automatische Seitennummerierung mit Seitenquerverweisen eine sehr aufwändige Angelegenheit war und Verschiebungen der Nummerierung durch Verzeichnisse oder zusätzliche Seiten im Frontteil einen aufwändigen Neusatz mit manueller Korrektur der Referenzen und der Verzeichnisse bedingten. Das ist im Zeitalter von LaTeX kein Problem mehr. Also ist die beste Zählweise die durchgehende.

Hier ein vollständiges Minimalbeispiel, das sich auf die Beantwortung der KOMA-Script-Fragen beschränkt, die ich an dem deinem nicht vollständigen, nicht minimalen Beispiel ausmachen konnte:

\documentclass[oneside]{scrbook}% Ich will \frontmatter und \mainmatter
                                % verwenden, deshalb scrbook und nicht scrreprt.
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage{blindtext}% zu Demozwecken
 
 
\usepackage[automark]{scrpage2}% die Option ist bei scrbook eigentlich überflüssig, aber ich wollte sie zeigen
\pagestyle{scrheadings}
\clearscrheadfoot
\ihead{\headmark}
\ohead[\pagemark]{\pagemark}
\renewcommand*{\pagemark}{%
  \usekomafont{pagenumber}\thepage\ von \currentmatterlastpage}
\newcommand*{\currentmatterlastpage}{\pageref{LastPage}}% So funktioniert das auch, wenn man später noch einen Großteil des matter-Codes löscht
 
\renewcommand*{\chaptermarkformat}{\chapapp\enskip\thechapter :\enskip} 
 
% Jetzt die Geschichte mit zwei Labels für römische und nicht römische Seiten
\usepackage{lastpage}
\usepackage{etoolbox}% Bitte die Anleitung lesen!!!
\appto\frontmatter{% siehe etoolbox
  \renewcommand*{\currentmatterlastpage}{\pageref{frontmatterlastpage}}%
}
\preto\mainmatter{% siehe etoolbox
  \label{frontmatterlastpage}%
}
\appto\mainmatter{% siehe etoolbox
  \renewcommand*{\currentmatterlastpage}{\pageref{LastPage}}%
}
 
\begin{document}
 
\frontmatter% siehe KOMA-Script-Anleitung
\tableofcontents
\listoffigures% nur damit ich im Frontteil mehr als eine Seiten habe
\listoftables% nur damit ich im Frontteil mehr als eine Seite habe
 
\mainmatter% siehe KOMA-Script-Anleitung
\blinddocument% siehe blindtext
 
\end{document}