Kopfzeile verschwindet mit scrpage2 mit subfiles Paket

Das Paket subfiles lädt die Dateien innerhalb einer Gruppe. Zusätzlich ist \begin{document}…\end{document} der Unterdateien dann auch noch eine Gruppe (im Gegensatz dazu ist es das bei normalen Dokumenten nicht). Da die Seite noch nicht ausgegeben ist, wenn die Gruppe endet, scrpage2 Änderungen aber nicht global vornimmt, wird die mit \chead vorgenommene Änderung deaktiviert, bevor die letzte Seite der geladenen Datei ausgegeben ist.

Ich halte das für ein grundsätzliches Problem von subfiles, wobei das nicht das einzige Problem ist. Wenn Du in einem Unterdokument nach \end{document} noch Code hast, dann wird der beim Einbinden als Unterdatei ebenfalls ausgeführt. Normalerweise wird aber Code nach \end{document} gerade nicht mehr ausgeführt. Du solltest dem Autor des Pakets folgende Änderung vorschlagen:

\begin{filecontents}{test1.tex}
\documentclass[Root.tex]{subfiles}
\clearscrheadfoot
\chead[Test]{Test}
 
\begin{document}
\Blindtext
\Blindtext
\end{document}
\end{filecontents}
\begin{filecontents}{test2.tex}
\documentclass[Root.tex]{subfiles}
\clearscrheadfoot
\chead[Test]{Test}
 
\begin{document}
\Blindtext
\Blindtext
\end{document}
\end{filecontents}
 
\documentclass[a4paper]{scrartcl}
\usepackage{subfiles}
 
\makeatletter
% \skip@preamble so definieren, dann weder die externe Datei noch
% \begin{document}…\end{document} in einer eigenen Gruppe stehen:
\renewcommand{\skip@preamble}{%
  \expandafter\def\expandafter\document\expandafter{%
    \expandafter\endgroup
    \expandafter\def\expandafter\document\expandafter{\document}%
  }%
  \expandafter\def\expandafter\enddocument\expandafter{%
    \expandafter\endinput
    \expandafter\def\expandafter\enddocument\expandafter{\enddocument}%
    \begingroup
    \edef\@currenvir{document}%
  }%
  \renewcommand{\documentclass}[2][subfiles]{}%
}
\renewcommand*{\subfile}[1]{\skip@preamble\input{#1}}
\makeatother
 
\usepackage{scrpage2}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage{blindtext}
 
\clearscrheadfoot
\pagestyle{scrheadings}
 
\begin{document}
\subfile{test1.tex}\newpage
\subfile{test2.tex}
\end{document}

Wenn er den Patch nicht akzeptiert und Du selbst auch keinen in der Präambel haben willst, solltest Du einfach am Ende der Unterdateien ein \clearpage einfügen. Das darf sogar nach dem \end{document} stehen.

Das ganze ist also insbesondere kein Fehler von scrpage2.

BTW: Ich lese TSX nicht. Dafür reicht meine Zeit einfach nicht auch noch.