Kapitelnummern im PDF-Inhaltsverzeichnis, aber nicht im Kolumnentitel

Dass die Bookmarks nicht nummeriert sind, hat rein gar nichts mit dem Abschalten der Nummern im Kolumnentitel zu tun. Wenn Du das

\renewcommand*{\chaptermarkformat}{} % Kolumentitel ohne Abschnittsnummer

auskommentierst, wirst Du sehen, dass die Bookmarks trotzdem keine Gliederungsnummer haben. Du suchst schlicht hyperref's Option bookmarksnumbered. Die ist in der aktuellen hyperref-Anleitung in Abschnitt 3.6 dokumentiert.

\documentclass[fontsize=12pt]{scrreprt} % KOMA-Script-Klasse report mit Schriftgröße 12pt
 
%--- Seitenformatierung und Satzspiegel
\KOMAoptions{BCOR=0mm} % Bindekorrektur 0mm
\KOMAoptions{parskip=half} % halber Absatzabstand
\KOMAoptions{headinclude} % Kopfzeile "gehört" zum Textteil
\usepackage[onehalfspacing]{setspace} %1,5 facher Zeilenabstand
\KOMAoptions{DIV=13} % Satzspiegel=13
 
%--- Einstellungen für deutsche Texte
\usepackage[T1]{fontenc} % Zeichensatzkodierung: 8bit
\usepackage[utf8]{inputenc} % Eingabezeichensatzcodierung: UTF-8
\usepackage[ngerman]{babel} % Deutsche Sprache mit neuer Rechtschreibung
\usepackage{textcomp} % zusätzliche Zeichen (z.B. €)
 
%--- Kopf- und Fußzeilen
\renewcommand*{\chaptermarkformat}{} % Kolumentitel ohne Abschnittsnummer
\usepackage[headsepline,automark]{scrlayer-scrpage} % Horizontale Linie unter der Kopfzeile
\pagestyle{scrheadings} % Vorlage "scrheadings" verweden
\ihead{\headmark} % oben links Kapitelbezeichnung
\ohead{\pagemark} % oben rechts Seitenzahl
\chead{} % oben mitte leer
\cfoot{} % unten mitte leer
 
%--- zusätzliche Pakete
\usepackage{lipsum} % LIPSUM-Text abrufbar
 
%--- Url & Referenzen verlinken
\usepackage[bookmarksnumbered]{hyperref}
\hypersetup{
    unicode=true, % Unicode Zeichen verwenden
    hidelinks % Kein Kasten und keine farbigen Links
}
\usepackage{bookmark}% Empfehlung aber für die Lösung nicht zwingend!
 
%--- Dokument ab hier 
\begin{document} 
 
%--- Einleitung
\chapter{Einleitung}\label{einl}
\lipsum[1-4]
\section{Motivation}\label{motiv}
\lipsum[2]
\section{Herangehensweise}\label{ablauf}
\lipsum[3-6]
 
%--- Grundlagen
\chapter{Grundlagen}\label{grund}
\section{Was ist KEP}\label{KEP}
\lipsum[1-3]
 
\end{document}

Es ist übrigens sinnvoll, min. Option fontsize bereits beim Laden der Klasse anzugeben. Die Möglichkeit, die Grundschriftgröße später noch zu ändern, ist eher eine Notlösung und ich kann nicht versprechen, dass das wirklich alle Längen erreicht, die von der Schriftgröße abhängen.

Ich halte übrigens auch nichts von Option hidelinks. Für ein Dokument, das am Bildschirm betrachtet werden können soll, ist es wichtig, dass man die Links auch erkennt. Wer die Kästen nicht mag, kann die Links entweder einfärben (Stichwort: colorlinks) oder statt der Rahmen Unterstriche verwenden (Stichwort: pdfborderstyle={/S/U/W 1}). Letztere haben bei Dokumenten, die auch gedruckt werden sollen, den Vorteil, dass sie (genau wie die Rahmen) nicht mitgedruckt werden, die Links also im Ausdruck schwarz bleiben.

Da die Frage also eigentlich nichts mit KOMA-Script zu tun hat, werde ich sie verschieben.

PS: Wenn man ein aktuelles LaTeX verwendet, kann man sich

\usepackage[utf8]{inputenc}

übrigens sparen, weil UTF8 inzwischen die Voreinstellung von LaTeX ist.

PPS: Ich empfehle außerdem, zusätzlich zu hyperref immer das Paket bookmark (ausnahmsweise nach hyperref) zu laden. Dadurch wird die Bookmarkerzeugung verbessert und funktioniert außerdem bereits im ersten LaTeX-Lauf und ohne zusätzlich angelegte *.out-Datei.