Unterstrich zu weit unten

Das mit \_ gesetzte Zeichen ist üblicherweise \textunderscore. Dieses wiederum ist im LaTeX-Kern als:

\DeclareTextCommandDefault{\textunderscore}{%
  \leavevmode \kern.06em\vbox{\hrule\@width.3em}}

definiert. Das heißt, dass es fontspezifisch definiert ist (näheres zu \DeclareTextCommandDefault siehe fntguide). Obige Definition findet nur Anwendung, wenn das Zeichen im Font nicht enthalten ist. Bei anderen Fonts wird es aus dem Font genommen und seine Position und Form unterliegen dann den Entscheidungen des Fontdesigners. Dies ist bei T1-codierten Schriften normalerweise immer der Fall (siehe T1enc.def). So ist auch zu erklären, dass sich Position und Aussehen des Zeichens beispielsweise ändern, wenn in deinem Beispiel noch ein \ttfamily eingefügt wird.

Zeichen sind für TeX auch nur Boxen und Boxen wiederum lassen sich ggf. mit \raisebox vertikal verschieben. Wie nach obiger Erklärung klar sein sollte, hängt der Wert mit Du Dein Ziel erreichst von der verwendeten Schrift ab. Es könnte daher sinnvoller sein, eine selbst definierte Anweisung an Stelle von \_ oder \textunderscore zu verwenden, die von der Schrift unabhängig ist. Der Preis ist dann, dass das Ergebnis von der Form eventuell nicht zur verwendeten Schrift passt. Natürlich verwendet man bei der eigenden Definition dann nicht \DeclareTextCommandDefault, sondern \newcommand oder \DeclareRobustCommand.

So etwas könnte beispielsweise so aussehen:

\documentclass{scrreprt}
\usepackage[T1]{fontenc}
\newcommand{\lowrule}{%
  \leavevmode \kern.06em\vbox{\hrule width.5em}}
\begin{document}
test\lowrule test
\end{document}