Unendlich oft: "you should run latex again to get the references right"

Hallo,
ich schreibe mit
""Ubuntu 10.04 LTS - Lucid Lynx
GNU Emacs 23.1.1 (i486-pc-linux-gnu, GTK+ Version 2.20.0) of 2010-03-29 on rothera, modified by Debian""
an einem recht komplizierten Latex-Dokumentverteilt über mehrere Dateien.

Bin auf Windows XP (MikTex) angefangen und dann zu Ubuntu gewechselt (TexLive). Ich konnte zunächst mit dem Dokument weiterarbeiten, habe jetzt aber das Problem unendlich oft "you should run latex again to get the references right"
zu bekommen, wenn ich in Emacs mit C-c C-c (pdflatex) compilieren und anzeigen will. Dabei schreibt Latex die die pdf-Datei, und eine Suche nach "??" (=fehlenden Referenzen) im pdf Dokument ergibt keinen Treffer.

Bevor der Fehler auftrat hatte ich versucht eine andere Fehlermeldung zu beheben (nach http://mrunix.de/forums/showthread.php?t=35353):
""
Meldung: " No hyphenation patterns were loaded for the language `ngerman' "
und falsche Silbentrennung im Dokument.
Um den Fehler zu beseitigen, musste ich
- zuerst das Paket texlive-lang-german installieren und dann
- den Befehl "fmtutil --all" in die Konsole eingeben."
""
und ich hatte einen Versuch mit

% \usepackage{microtype}

gestartet, der allerdings mit einer Fehlermeldung wegen nicht geeigneter Schrift endete (obwohl ich die Latex-Standardschrift verwende), weswegen ich das auskommentiert habe.

Ich weiss ehrlich gesagt nicht wie ich dazu ein Minimalbeispiel posten soll, es geht ja um Referenzen in einem komplexen Dokument. Es gibt viele 'underfill' und 'overfull' boxen, aber keine fatalen Fehler.
Vielleicht hat jemand eine Idee wo das Problem liegen könnte.
Grüße
Thomas

PS

\documentclass[german, a4paper]{scrbook}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage{amsmath}
\usepackage{graphicx}
% \usepackage{microtype}
\usepackage{url}
\usepackage{lscape}
\usepackage{listings}
% \usepackage[numbers]{natbib}
\usepackage[ngerman]{varioref}
....
\bibliographystyle{alpha}
\bibliography{literatur/literatur}

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This is pdfTeX, Version 3.1415926-1.40.10 (TeX Live 2009/Debian) (format=pdflatex 2010.11.14)  15 NOV 2010 12:37
entering extended mode
 restricted \write18 enabled.
 %&-line parsing enabled.
**\input master.tex
(./master.tex (/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/koma-script/scrbook.cls
Document Class: scrbook 2009/07/24 v3.04a KOMA-Script document class (book)
(/usr/share/texmf-texlive/tex/latex/koma-script/scrkbase.sty
Package: scrkbase 2009/07/24 v3.04a KOMA-Script package (KOMA-Script-dependent 
basics and keyval usage)
...
Output written on master.pdf (138 pages, 1077942 bytes).
Transcript written on master.log.

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