Komascript und geometry

In der KOMA-Script-Anleitung steht sicher irgendwo, dass man bei Verwendung einer KOMA-Script-Klasse typearea nicht explizit lädt, weil das die Klasse bereits macht und dass man daher die Optionen für typearea direkt bei \documentclass mit angibt. Ich kann mich ganz dunkel erinnern, dass es dafür sogar Beispiele in der Anleitung gibt ...

Ein zweites Paket mit der Funktionalität von geometry zu schreiben halte ich auch für wenig sinnvoll. geometry existiert und funktioniert.

Warum verwendest Du übrigens zwei \geometry-Anweisungen?

Ich habe jetzt mal Dein Beispiel etwas minimalisiert und dafür ein paar Informationen zu Kopf, Fuß und Satzspiegel und ein paar Maßlinien eingefügt. Damit dürfte dann klar werden, wo Dein Denkfehler liegt. Näheres zur Bedeutung von bottom und footinclude in Deiner Optionenliste ist der geometry-Anleitung zu entnehmen.

\documentclass[a4paper,12pt,fleqn,oneside,titlepage,liststotoc]{scrartcl}
\usepackage[english]{babel}
\usepackage{eso-pic}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[ansinew]{inputenc}
\usepackage[automark]{scrpage2}
\usepackage{geometry}
\geometry{includehead,includefoot,inner=2.5cm,outer=5cm,top=2.5cm,bottom=2cm}
\pagestyle{scrheadings}
\clearscrheadfoot
\ihead[\rule{\textwidth}{\baselineskip}]{\rule{\textwidth}{\baselineskip}}
\ifoot[\rule{\textwidth}{\baselineskip}]{\rule{\textwidth}{\baselineskip}}
\begin{document}
\AddToShipoutPicture{%
  \AtPageLowerLeft{%
    \setlength{\unitlength}{1cm}%
    % Maßlinie unten
    \put(10.5,0){\line(0,1){2}}
    \multiput(10,0)(0,0.1){21}{\line(1,0){.5}}
    \multiput(10,0)(0,1){3}{\line(1,0){1}}
    % Maßlinie oben
    \put(10.5,29.7){\line(0,-1){2.5}}
    \multiput(10,29.7)(0,-0.1){26}{\line(1,0){.5}}
    \multiput(10,29.7)(0,-1){3}{\line(1,0){1}}
    % Maßlinie links
    \put(0,14.585){\line(1,0){2.5}}
    \multiput(0,14.085)(0.1,0){26}{\line(0,1){.5}}
    \multiput(0,14.085)(1,0){3}{\line(0,1){1}}
    % Maßlinie rechts
    \put(21,14.585){\line(-1,0){5}}
    \multiput(21,14.085)(-0.1,0){51}{\line(0,1){.5}}
    \multiput(21,14.085)(-1,0){6}{\line(0,1){1}}
  }%
}
\noindent\rule{\textwidth}{\textheight}
\end{document}