\marginnote und twocolumn

marginnote war tatsächlich ursprünglich nur für einspaltigen Satz gedacht. Im PDF-Modus von pdfTeX werden die Randnotizen aber auch im twocolumn-Modus an der korrekten horizontalen Position in der echten Marginalienspalte ausgegeben. Seit dem Update auf Version 1.1a funktioniert das mit pdfTeX ab Version 1.40 auch im DVI-Modus.

Für einen Automatismus, der Notizen der linken Spalte in den linken Rand und Notizen der rechten Spalte in den rechten Rand setzt, müsste man vermutlich zwischen den Seiten und Spalten \reversemarginpar und \normalmarginpar einschleusen. Manuell ginge das so:

\documentclass[twocolumn]{scrartcl}
\usepackage{marginnote}
 
\begin{document}
\reversemarginpar
 
Text\marginnote{1}
 
Text\marginpar{A}
 
\newpage\normalmarginpar
 
Text\marginnote{2}
 
Text\marginpar{B}
 
\end{document}

Automatisch dürfte man ein Problem mit Absätzen bekommen, die auf die nächste Spalte umbrochen werden. Das bedeutet, man müsste die Information darüber, ob man sich in der rechten oder linken Spalte befindet, ebenfalls aus der horizontalen Position ermitteln. In dem Fall könnte man einmal folgendes probieren:

\documentclass[twocolumn]{scrartcl}
\usepackage{marginnote}
 
% ACHTUNG: Diesen Hack bitte ab marginnote v1.3 nicht mehr verwenden!!!
\makeatletter
\g@addto@macro\@mn@margintest{%
  \if@twocolumn
    \ifx\@mn@currxpos\relax% don't know which margin use normal one
      \normalmarginpar
    \else\ifx\@mn@currxpos\@empty% don't know which margin use normal one
        \normalmarginpar
      \else
        \if@tempswa% use \oddsidemargin for tests
          \ifdim\@mn@currxpos >\dimexpr \oddsidemargin+1in+\columnwidth\relax
            \normalmarginpar% right column -->;right margin
          \else
            \reversemarginpar% left column --> left margin
          \fi
        \else% use \evensidemargin for tests
          \ifdim\@mn@currxpos >\dimexpr \evensidemargin+1in+\columnwidth\relax
            \reversemarginpar% right column --> right margin
          \else
            \normalmarginpar% left column --> left margin
          \fi
        \fi
      \fi
    \fi
  \fi
}
\makeatother
 
\begin{document}
Text\marginnote{1}
 
Text\marginpar{A}
 
\newpage
 
Text\marginnote{2}
 
Text\marginpar{B}
 
\end{document}

Im twoside-Modus ist das aber nur bedingt empfehlenswert, weil dann schlicht die Marginalienspalte am inneren Rand nicht genügend Platz hat. Immerhin verwendet \marginnote in der Voreinstellung eine automatische Ausrichtung, bei der man ganz kurze Markierungen noch erkennen kann, während die bei \marginpar am inneren Rand außerhalb des Papiers liegen, wenn man das nicht explizit über das optionale Argument verhindert.

Ich hoffe, das hilft Dir weiter.