Probleme mit Anhängen

Die oberste Gliederungsebene unter \part heißt bei scrreprt \chapter. Das ändert sich auch nicht plötzlich im Anhang. Also solltest du entweder mit einem Anhang der Form:

\appendix
\addchap{\appendixname}
\section{MindManager -- UseCases}
...
\section{MindManager -- UnuseCases}

arbeiten (übrigens verwendet man für einen Gedankenstrich nicht ein sondern zwei Minuszeichen), oder aber mit mehreren Anhängen der Form:

\appendix
\addpart{\appendixname}
\chapter{MindManager -- UseCases}
...
\chapter{MindManager -- UnuseCases}

Eventuell möchtest du zusätzlich die Option appendixprefix verwenden (auch, wenn ich nicht viel davon halte). Das musst du selbst entscheiden.