Fußnoten unter footsepline

Du mischst da zwei Dinge durcheinander, die nichts miteinander zu tun haben.

Fußnoten sind immer Teil des Textkörpers, stehen also über dem Seitenfuß. Das hat nichts mit KOMA-Script zu tun und ist noch nicht einmal LaTeX-spezifisch, sondern gilt im Textsatz grundsätzlich. Die Paginierung wiederum erfolgt unabhängig vom Satzspiegel und darf ohne weitere Maßnahme außerhalb desselben stehen.

Auch gibt es zwei Linien, die nichts miteinander zu tun haben. Die foot separation line trennt den Seitenfuß vom Textbereich und wird per Option footsepline aktiviert. Demgegenüber trennt die footnote rule (siehe \footnoterule) die Fußnoten vom restlichen Textbereich.

Wenn Du die Seitenzahl wirklich neben dem Textbereich haben willst, was ich absolut nicht empfehlen kann, dann würde ich zu etwas wie (mangels vollständigem Minimalbeispiel ungetestet:

\usepackage{scrpage2}
\setfootwidth{textwidthmarginpar}
\renewcommand*{\pagemark}{%
  \raisebox{\footskip}{\usekomafont{pagenumber}\thepage}%
}
\pagestyle{scrheadings}

Gegebenenfalls kannst Du noch die footnote rule verlängern, die dann natürlich noch immer nur gesetzt wird, wenn auch Fußnoten ausgegeben werden. Ob Du dann mit footinclude arbeitest oder nicht, bleibt Dir überlassen. Zu retten oder zu verschlimmern ist damit kaum noch etwas.

Ich würde Dir jedoch schlicht empfehlen, es so zu lassen wie es in der Voreinstellung ist. Das ist dann wenigstens korrekt.

BTW: In Weitere Informationen über Formatierungsoptionen, was Dir bei jeder Eingabe von Text angeboten wird, steht ausdrücklich:

Markierung von Quelltext innerhalb des Fließtextes (beispielsweise <code>\textbf</code>). Für mehrzeiligen Quelltext wird <blockcode>...</blockcode> empfohlen!

Wäre schön, wenn das mal jemand beachten würde ...

Ergänzung: Inzwischen sollte man scrpage2 durch scrlayer-scrpage ersetzen und die Breite per Option angeben. Zur konkreten Verwendung sei auf die KOMA-Script-Anleitung verwiesen.