Seitenzahl in Fußnote verändern

Hast Du das angegebene Minimalbeispiel selbst ausprobiert? Ich vermute stark, das fehlt ein \pagestyle{scrheadings}, weil sonst die Linien überhaupt nicht angezeigt werden, das die Anweisungen ja nur die Linien der scrpage2-Seitenstile konfigurieren. Es sei an dieser Stelle auch nochmal darauf hingewiesen, dass laut Anleitung die Linien nicht per \set...line eingeschaltet werden, sondern per Paketoption. Dass es trotzdem funktioniert, ist eigentlich ein Bug. Spätestens bei den Linien für den plain-Stil geht es aber ohnehin nicht.

Zu Deiner eigentlichen Frage: Die Lösung zur Einfärbung der footsepline setzt die Verwendung einer aktuellen KOMA-Script-Version voraus (eventuell genügt Version 2.9t, getestet habe ich aber mit 2.9u). Dann steht dafür die Lösung sogar in der KOMA-Script-Anleitung. Die senkrechte Linie ist auch kein größeres Problem.

\documentclass[%
  11pt,% Grundschriftgröße (Default)
  twoside,% Doppelseitiges Layout (Default)
  parindent,% Absatzeinzug (Default)
  headsepline,footsepline,% Trennlinien für Kopf und Fuß (hässlich)
 %draft,% Entwurfsmodus
]{scrbook}
 
\usepackage[%
  automark,% Automatische Kolumnentitel (hier auch Default)
  ilines% Linien innen ausrichten
]{scrpage2}
\usepackage[latin1]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage{lmodern}% vernünftige Schrift in T1 Codierung
\usepackage{ngerman}% neue Deutsche Rechtschreibung
\usepackage{xcolor}% Farbe
\usepackage{blindtext}% sollte eine aktuelle Version sein


\setheadwidth[0pt]{textwithmarginpar}

\setfootwidth[0pt]{textwithmarginpar}
\setfootsepline[text]{.1pt}
\colorlet{footsepline}{gray}
\setkomafont{footsepline}{\color{footsepline}}% Linie einfärben

% Seitenzahl mit senkrechter Linie innen
\colorlet{pagenumberrule}{gray}
\renewcommand*{\pagemark}{%
  % Im Kopf haben wir den Vorteil, dass page immer die
  % aktuelle Seitenzahl angibt. Es kann also wie folgt, statt
  % mit \ifthispageodd gearbeitet werden. Diese Lösung spart
  % Platz in der aux-Datei und ist wesentlich schneller.
  \ifodd\value{page}
    \textcolor{pagenumberrule}{\vrule}~\thepage
  \else
    \thepage~\textcolor{pagenumberrule}{\vrule}
  \fi
}

\pagestyle{scrheadings}

\begin{document}
\Blindtext
\end{document}

Weil ich die Überschrift jedes Mal sehen, wenn ich die Seite aufschalte, muss ich jetzt doch noch eine Bemerkung dazu los lassen: Die Seitenzahl hat mit Fußnoten nichts zu tun. Es geht hier eindeutig um die Paginierung, die im konkreten Fall im Seitenfuß stattfindet. Fußnoten werden jedoch als Teil des normalen Satzspiegels und nicht als Teil des Seitenfußes gesetzt. Bei LaTeX verwendet man dafür die \footnote-Anweisung.