Im KOMA-Script-Buch befindet sich eine Fassung von chapterthumb.sty, bei der die Ausgabe des Daumenindex u. a. davon abhängt, dass der Zähler chapter
größer als 0 ist. \appendix
setzt genau diesen Zähler allerdings auf 0 zurück, damit er beim nächsten \chapter
auf 1 gesetzt und damit die Anhangsnummer A ausgegeben wird. Da \appendix
selbst keine neue Seite beginnt, ist chapter
bei der Ausführung der Ebene (eng. layer) für den Daumenindex bereits auf 0, wenn \appendix
auf einer Seite ausgeführt wird, auf der eigentlich noch ein Daumenindex ausgegeben werden soll.
Die Abhilfe ist einfach: Vor \appendix
noch ein \clearpage
oder \cleardoublepage
einfügen.