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\KOMAoptions sind signifikant. Da in der Doku nicht explizit steht, dass das nicht der Fall ist, ist das aber kein Bug.headsepline, noheadsepline, footsepline und nofootsepline können nicht nach \begin{document} gesetzt werden.\begin{document} zu setzen, bleibt nur die Verwendung einer KOMA-Script-Version ab 2.98c.