Du arbeitest vermutlich unter Windows mit einer 64bit-TeX-Distribution und hast biber selbst installiert. Dabei hast Du versehentlich die CygWIN-Version von biber installiert. Diese funktioniert nur, wenn man CygWIN unter Windows installiert hat. Installiere stattdessen die passende Windows-Version von biber, die auf SourceForge¹ einfach zu finden ist.
1 – Erst die passende Version wählen, dann binaries, dann Windows und dann biber-MSWIN.zip.